I mesi più caldi dell'anno a Naxos sono Giugno, Agosto e Luglio, quando la media mensile delle temperature raggiunge i 27 °C, mentre nei mesi più freddi di Marzo, Dicembre, Gennaio e Febbraio il termometro scende mediamente fino a 10 °C.
| Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Max °C | 14 | 14 | 15 | 19 | 22 | 26 | 27 | 26 | 25 | 21 | 18 | 15 |
| Min °C | 10 | 10 | 11 | 13 | 16 | 19 | 22 | 22 | 20 | 17 | 14 | 11 |
A Naxos i mesi più piovosi dell'anno sono Febbraio, Dicembre e Gennaio durante i quali la media mensile delle piogge arriva a 80 mm. Più secchi invece Aprile, Maggio, Giugno, Luglio, Agosto e Settembre quando le precipitazioni medie si riducono fino a 10 mm al mese.
| Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mm | 80 | 70 | 50 | 20 | 10 | 10 | 10 | 10 | 10 | 40 | 60 | 70 |
| Giorni | 7 | 6 | 5 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 2 | 5 | 7 |
Maggio, Agosto, Giugno e Luglio sono i mesi più soleggiati dell'anno. Dall'alba al tramonto in media sono 13 le ore di sereno a Naxos. In Marzo, Ottobre, Gennaio, Febbraio, Novembre e Dicembre le ore di sereno si riducono invece a 6.
| Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | |
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| Ore | 6 | 6 | 8 | 9 | 11 | 13 | 13 | 11 | 10 | 8 | 6 | 6 |
I mesi dell'anno in cui l'acqua del mare è più calda sono Settembre, Luglio e Agosto quando la temperatura media si aggira intorno ai 25 °C.
| Gen | Feb | Mar | Apr | Mag | Giu | Lug | Ago | Set | Ott | Nov | Dic | |
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| °C | 16 | 16 | 16 | 17 | 19 | 22 | 25 | 25 | 24 | 22 | 19 | 17 |
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