Il principale porto di Santorini è Athinios, vicino a Fira, ed è collegato con il porto del Pireo di Atene e con alcune delle principali località della Grecia, molte delle quali isole dell’arcipelago delle Cicladi.
La durata del viaggio dal Porto del Pireo è di 5 ore nel caso di traghetti veloci, e di 8 ore nel caso di traghetti tradizionali.
In estate i collegamenti si intensificano, quindi risulta molto comodo organizzare una vacanza itineranti alla scoperta di più isole delle Cicladi.