Karpathos è un’isola molto ben collegata da navi, traghetti e imbarcazioni di ogni tipo. Dall’Italia non è raggiungibile in modo diretto, chiunque volesse arrivare a Karpathos in nave dovrà imbarcarsi per Atene (Pireo), e poi proseguire da lì tramite catamarani, navi veloci o normali traghetti. La scelta della nave naturalmente influirà sul costo del biglietto e sul tempo di percorrenza.
Ci sono due porti a Karpathos, il più importante è quello del capoluogo Pigadia, mentre il secondo, più piccolo, si trova a Diafani. Da Karpathos si parte alla volta delle isole di Santorini, Milos e Kassos, oltre che verso Rodi e Creta, che si trovano molto vicine, e naturalmente verso il Pireo, il porto di Atene, dal quale partono navi praticamente per ogni isola greca abitata.